相对于手术而言，微波是一种作用较”温和”的治疗方法，微波治疗时间短，治疗后无需休息，因而对很多腋臭患者而言是一种较好的方法，但微波腋臭去除术也有一些副作用出现：
① 局部肿胀：电离子治疗后可能会有轻、中度局部肿胀，术后2-3天重，5-7天逐渐消退。
② 烧伤：术中有可能由于电流过大导致其他组织的烧伤。
③ 色素沉着：电离子治疗后会有色素沉着的现象发生。
④ 瘢痕形成：电离子治疗后会有点状瘢痕形成。
⑤ 瘙痒：少见。可能意味着伤口的愈合，也要警惕感染的可能。
⑥ 感染：术中很多原因可能导致感染，如器械消毒不彻底等。
⑦ 复发：若术中治疗不彻底，残存汗腺未能清理干净，则会复发，需要再次治疗。