手术法黑色素痣治疗虽然治疗较为彻底，对很多黑色素痣患者而言是一种较好的方法，但手术法黑色素痣治疗也有一些副作用出现，求美者一定去正规医院治疗，手术法黑色素痣治疗可能出现的副作用有：
① 感染：任何手术都有发生感染的可能，一旦发现有发热、感染的现象，应立即到医院进行治疗。
② 瘢痕：由于手术切口达真皮层，愈合后手术部位会有瘢痕形成，另外较大的色素痣切除后也会有明显瘢痕形成。
③ 伤口裂开：若色素痣较大，切口处皮肤张力较大，术后可能会有伤口裂开的情况发生。
④ 皮下血肿：切取脂肪瘤的过程中，如果止血不当，可能发生皮下血肿。