相对于手术而言，冷冻法是一种作用较”温和”的治疗方法，冷冻法治疗时间短，痛苦小，治疗后无需休息，因而对很多黑色素痣患者而言是一种较好的方法，但冷冻法黑色素痣治疗也有一些副作用出现：
① 疼痛：冷冻治疗1-2天内局部有疼痛感，尤以1-2小时内明显。
② 水肿：解冻后局部即开始红肿，24小时达高峰，3-4天开始逐渐消退。水肿明显者可遵医嘱外用糖皮质激素类霜，每日2-3次。
③ 水疱：冷冻时间较长者，术后2-3小时局部可出现水疱或大疱。应立即找医生治疗。
④ 感染：较少见。常由术后形成的水疱破溃，不注意清洁卫生，继发感染所致。一旦感染，应立即到医院治疗。
⑤ 色素沉着斑：冷冻形成的炎症消退后，部分患者可继发色素沉着斑。一般数月后可自行消退。