虽然水动力吸脂对血管和神经的损伤较传统吸脂术要小得多，但一般水动力吸脂后由于种种原因仍有可能会出现一些副作用：
1. 皮肤皱褶及凹凸不平：皮肤皱褶出现在少数皮肤弹性差的受术者身上。凹凸不平是因在抽吸过程中，皮肤下所保留的脂肪厚度不均匀所导致的。手术后3个月就可以逐渐有所好转。
2. 伤口感染：较大范围的感染不常见，偶见切口部位局限性感染，与抽吸管进出切口时未阻断负压，加重了切口部的损伤有关。一旦发现感染，可拆除缝线，引流伤口脓液，换药，伤口可延期愈合。
3. 出血：探头使用时间过长可能导致表面不光滑，出现毛刺，从而造成更大程度的组织损伤和出血。
4. 皮肤感觉迟钝和过敏：暂时性的感觉神经炎，短期可自行缓解。
5. 其他并发症：如皮肤麻木或疼痛、色素沉着、皮肤硬结等。
6. 极少数肥胖人群由于抽吸的脂肪量过大，导致血管损伤的几率也会同比增大，易导致静脉栓塞、脂肪栓塞、肺栓塞等严重并发症，但一般很少发生。